Диагноз стафилококкового дисбактериоза ставят на основании клинической картины и бактериологических исследований кала. При этом особенно важен повторный обильный рост микробов в чистой культуре на питательных средах. Можно применять серологические методы исследования. В диагностике большое значение придают также прогрессированию болезни на фоне применения антибиотиков широкого спектра действия.