Изменение нормального состава микрофлоры кишечника приводит к функциональным нарушениям во всех отделах желудочно-кишечного тракта. В результате исчезновения или снижения уровня бифидофлоры нарушаются процессы пищеварения, в первую очередь всасывание питательных веществ. Элиминация молочных бактерий приводит к сдвигу рН в щелочную сторону и нарушению функции некоторых кишечных ферментов. Бактерии, внедрившиеся в тонкий кишечник, конкурируют с хозяином за утилизацию питательных веществ. Продукты метаболизма и токсины бактерий снижают дезинтоксикационную способность печени, изменяют проницаемость кишечной стенки, нарушают перистальтику кишечника, подавляют регенерацию эпителия и обусловливают развитие диспепсического синдрома. Кроме того, они изменяют иммунобиологический статус организма, что может привести к инфекционным процессам, вплоть до развития сепсиса.

Клинически выделяют:

• Латентную или компенсированную форму дисбактериоза кишечника, при которой отсутствуют клинические признаки и лишь лабораторные исследования выявляют нарушение нормального состава кишечной микрофлоры.
• Местную или субкомпенсированную форму дисбактериоза кишечника, характеризующуюся локальными или распространенными воспалительными изменениями в кишечнике. В этих случаях лабораторные исследования подтверждают выраженный дисбактериоз кишечника с наклонностью его к распространению, но при сохраненной высокой резистентности организма процесс быстро купируется.
• Декомпенсированную форму, для которой характерна генерализация дисбактериоза, возникающая в связи с нарушением функциональных барьеров и ослаблением неспецифического иммунитета. Эта генерализация сопровождается образованием метастатических воспалительных очагов, выраженной интоксикацией и бактериемией с возможным исходом в сепсис.

• Параколидисбактериоз, который характеризуется увеличением, уменьшением или появлением необычных штаммов эшерихий с ослабленными ферментативными свойствами, в том числе и гемолизирующих штаммов.
• Стафилококковый дисбактериоз.
• Энтерококковый дисбактериоз.
• Протейный дисбактериоз.
• Дрожжевой дисбактериоз.
• Ассоциированный дисбактериоз.

При первичном дисбактериозе в начале изменяется микрофлора, а затем присоединяется воспалительный процесс в слизистой оболочке кишечника.

Вторичный дисбактериоз является осложнением возникшего ранее заболевания кишечника и его клинические признаки, в известной мере, определяются основным заболеванием.