Как мы выяснили, формирование первичной микрофлоры кишечника и слизистых новорожденного зависит от микрофлоры кишечника и влагалища матери. Совершенно очевидно, что при наличии дисбактериоза у матери он неизбежно перейдет к ребенку. То же самое относится к состоянию влагалища женщины: наличие бактериального вагиноза или кандидозного вульвовагинита неизбежно приведет к заселению этими бактериями кишечника новорожденного. В этом случае переходный дисбактериоз непременно затянется и будет требовать дополнительного лечения. Необходимо, чтобы в толстый кишечник ребенка попали бифидобактерии, быстрому размножению которых способствуют вещества, содержащиеся в материнском молоке.

Другими причинами, приводящими к младенческому дисбактериозу, являются токсикозы беременности и осложненные роды, инфекционные заболевания, мастит во время беременности, а также нерациональное питание будущей матери.