Прием лекарственных препаратов, и прежде всего антибиотиков, как матерью, так и ребенком в первые дни его жизни оказывает сильнейшее влияние на развитие младенческого дисбактериоза. Длительное пребывание ребенка в родильном доме создает дополнительную возможность заселения его кишечника агрессивными микроорганизмами из окружающей среды. Установлено, что если ребенок находится в роддоме более пяти суток и ему назначаются те или иные лекарства, то нормальная микрофлора закономерно вытесняется условно-патогенными микроорганизмами. Кроме того, в его организм могут попасть как условно-, так и откровенно патогенные микроорганизмы.

При наличии у новорожденного гнойной инфекции после приема лекарственных средств необходимо нормализовать микрофлору толстого кишечника при помощи препаратов, содержащих бифидумбактерин.

Рождение ребенка путем кесарева сечения лишает его возможности адаптироваться в мире микробов благодаря прохождению через родовые пути матери, которые обеспечивают его материнской микрофлорой. Младенец рождается практически стерильным, встречаясь один на один с враждебной армией микроорганизмов. Поэтому такие дети относятся к группе риска в плане развития дисбактериоза.

Другие причины отсутствия микробного равновесия - проведение реанимационных мероприятий у новорожденных, низкая оценка по шкале Апгар и позднее прикладывание к груди.

В течение первого года жизни собственная микрофлора кишечника надежно защищает ребенка от вторжения чужеродных бактерий. Однако серьезные проблемы со здоровьем и другие обстоятельства могут поколебать только что налаженную систему защиты. К дисбактериозу приводят диспепсия, частые простудные заболевания, гипотрофия, диатез, рахит и ряд других патологических состояний.