Имеет место локальное поражение кишечника с клинической картиной энтероколита той или иной степени тяжести. Нередко происходит генерализация процесса с развитием протеусного сепсиса. Особенно часто данный дисбактериоз возникает и протекает тяжело у больных, страдающих хроническими болезнями кишечника (неспецифический язвенный колит, хронический энтероколит, а также при оперативных вмешательствах на органах брюшной полости). Прогноз не всегда благоприятный.

Диагноз ставят на основании ухудшения в течении заболевания на фоне антибиотикотерапии и бактериологических исследований кала.