Диагностика неспецифического язвенного колита начинается с анализа анамнестических данных и клинического осмотра больного. Из анамнеза (история жизни и болезни больного, рассказанная им самим) врач узнает основные симптомы характерные для данного заболевания. Для установления формы заболевания обращают внимание на эволюцию болезни с момента появления первых симптомов до момента обращения к врачу. Врач обязан уточнить было ли предпринято какое-либо лечение, и если да, то какое. Особое значение имеет установка наследственного типа заболевания и обнаружение других аутоиммунных патологий.

Общий осмотр больного выявляет признаки анемии - бледность и сухость кожи, ломкость и исчезновение блеска волос, расслоение ногтей, появление трещин в уголках рта и пр. При пальпации живота, как правило, устанавливается болезненность в левой части живота, а иногда и всей области живота.

Анамнестические данные в большинстве случаев являются достаточными для того, чтобы заподозрить неспецифический язвенный колит, однако для того чтобы дифференцировать это заболевание от других болезней со схожим течением назначают дополнительные методы исследования.

Рентгенологическое исследование призвано уточнить локализацию и распространенность патологического процесса, выявить наличие осложнений, а также осуществить периодическое наблюдение за развитием болезни. Обзорная рентгенография брюшной полости при неспецифическом язвенном колите показывает неравномерное заполнение толстого кишечника газом, утолщение и неровный внутренний контур стенок кишечника. Для уточнения структуры слизистой оболочки делают рентгенологический снимок с введением в полость кишечника контрастной массы взвеси сульфата бария. Как правило, этот метод исследования позволяет выявить изъязвления слизистой кишечника в виде «лоскутов» или «двойных контуров». Развитие осложнений проявляется присутствием воздуха в брюшинной полости или проникновения контрастной массы за пределы кишечника (при прободении стенок кишечника), наличием «дефекта заполнения» или локальной ригидность стенок кишечника (при раке кишечника), препятствием на пути продвижения рентгеноконтрастной массы (при стенозе кишечника).

Колоноскопия - является одним из наиболее информативных методов исследования при заболеваниях толстого кишечника. Суть метода состоит в осмотре состояния слизистой оболочки и стенок кишечника при помощи специальной оптико-волоконной системы визуализации. Колоноскопия позволяет выявить несколько характерных для неспецифического язвенного колита признаков: наличие регенерации слизистой оболочки кишечника в виде псевдополипов, контактные кровотечения при продвижении аппарата для колоноскопии вдоль стенок кишечника, диффузный характер изъязвлений. Для уточнения диагноза во время колоноскопии производят забор тканей кишечника для гистологического анализа. Гистологический анализ позволяет окончательно дифференцировать неспецифический язвенный колит от болезней со схожими проявлениями (например Болезнь Крона).

Часто, на начальных этапах, проводят и некоторые микробиологические исследования для того чтобы исключить бактериальную или паразитарную природу заболевания. Известно, что схожую с неспецифическим язвенным колитом клиническую картину имеют дизентерия и амебиаз.