Определенную роль в этиологии СРК могут играть инфекции, в частности шигеллы, вирус гепатита В. После острых кишечных заболеваний чаще всего возникают функциональные расстройства кишечника и желудка, в то время как колит развивается редко.

Важное значение в развитии СРК придается микробно-ассоциативным нарушениям в толстой кишке (синдром кишечного дисбиоза) с интенсивным ростом условно-патогенной и патогенной протеолитической флоры на фоне снижения роста сахаролитической флоры.

Кишечный дисбиоз, возникающий после антибиотикотерапии, однообразного и несбалансированного питания, стресса, радиационного воздействия, перенесенных острых кишечных инфекций и др., часто приводит к СРК. Последний проявляет себя клинически ипохондрией, болью и урчанием в животе, повышенным газообразованием, диареей или обстипацией и др.

Кишечный дисбиоз играет немаловажную роль не столько в развитии, сколько в поддержании СРК, что приводит к изменению содержания желчных кислот, уменьшению синтеза летучих жирных кислот. Имеет значение и раздражение слизистой оболочки кишечника бактериальными токсинами.