Двигательная активность кишечника регулируется не только центральной нервной системой и гормонами, но и внутренней иннервацией, генерирующей собственные импульсы. Несколько раз в день, в межпищеварительный период, сильная волна сокращений способствует очищению кишечника от непереваренных остатков пищи, продвигая их по направлению к толстому отделу. Нередко такие сокращения обуславливают сильные позывы к опорожнению кишечника. Недавние исследования показали, что у людей, страдающих СРК, мускулатура кишечника отвечает сильным спазмом даже на небольшую стимуляцию. Предполагается, что эти люди имеют более чувствительный и подвижный кишечник, чем все остальные.

Ученые-медики не смогли установить органическую причину возникновения СРК, и принято считать, что основным фактором является стресс. Многие пациенты отмечали, что их симптомы нарастают во время эмоционального напряжения или после употребления определенной пищи. К возможным причинам развития СРК также относятся избыточный бактериальный рост, некачественное питание, употребление большого количества газообразующих продуктов, жирная пища, переизбыток кофеина, злоупотребление алкоголем, недостаток в рационе продуктов, содержащих растительные волокна, переедание. Жир в любом виде (животного или растительного происхождения) является сильным биологическим стимулятором двигательной активности кишечника.

Было установлено, что симптомы СРК у женщин ярче выражены в период менструаций, что связано с повышением в крови уровня половых гормонов.