К основным этиологическим факторам или причинам СРК относят отрицательные эмоции, инфекционные заболевания, лекарственное воздействие, особенности питания. Установлено, что отрицательные эмоции, различные стрессовые ситуации влияют на двигательную функцию кишечника, а длительная травматизация психики может вызвать ее нарушения.

Одна из причин развития СРК - подавление пациентом позыва к дефекации, что приводит к частичной или полной утрате физиологического рефлекса дефекации. Этому способствует дефицит времени в утренние часы у работающих, путешествия, командировки, некомфортность туалета, стеснительность.